W ciągu roku formacyjnego odbywa się pięć Nocy Nikodemowych, w różnych miejscach Polski – tak, aby każdy miał dogodność w dotarciu. Ten czas ma charakter wyciszenia. Spotykamy się w piątek wieczorem na kolacji, aby następnie posłuchać wprowadzenia i konferencji do danego tematu. Po tym wszystkim mamy również czas, aby się wspólnie się spotkać przy kawie, herbacie oraz słodkościach i podzielić swoimi przemyśleniami. Po Mszy Świętej następuje główny punkt NN  – wystawienie Najświętszego Sakramentu i całonocna Sztafeta Biblijna. Czas, aby spotkać się z Nim sam na sam w ciszy. Kończymy rano jutrznią, podsumowaniem spotkania, obiadem i Mszą Świętą.